Le hall d'entrée est le seul point d'accès à la base d'HYDRA avec le toit. Au centre du hall d'entrée se trouve une statue d'une hydre, symbole de l'organisation. Imposante statue sur lequel tous les regards convergent. Chaque façade du hall d'entrée est construite avec du verre renforcé. Chaque point d'entrée et de sortie est surveillée par des agents qui patrouillent dans le hall. Si un agent désire quant à lui atteindre les étages supérieurs, il doit emprunter l'escalier central ou se diriger vers les ascenseurs.

Le premier étage est le seul étage commun à tous les agents. De nombreux allées et venues ont lieux dans cet étage alors que les agents échangent des informations ou prennent place dans la salle de contrôle, dans leurs bureaux. Un lieu où le silence est souvent de mise. Bien qu'autant qu'il peut arriver qu'on n'entende que le cliquetis des claviers, il est aussi possible d'entendre les échos des conversations qui ont lieu entre les agents de l'organisation. D'autant que c'est aussi à cet étage que sont prises toutes les décisions importantes concernant l'éradication de la résistance ou les inhumains.

Le second étage est l'un des lieux qui apparaît le plus comme étant glacial. La majorités des agents qui se succèdent paraissent être dépourvus d'émotions alors qu'ils sont pour de nombreux des spécialistes, prêts à obéir aux ordres. Cet étage est celui composé des salles de détention, de torture, d'interrogation. Parfois le silence se substitue aux cris. Les cris des citoyens ou potentiels inhumains qui sont interrogés. Et qu'il soit clair, peu de ceux amenés là peuvent repartir libres.

Le troisième étage est le domaine du Docteur, plus connu personnellement sous le nom de Leopold Fitz. Toujours escorté par des agents, c'est au coeur de son laboratoire qu'il enchaîne les expériences. C'est aussi à cet étage que sont conduits les inhumains. Là-bas, ils ne sont que des numéros alors que chaque jour, des expérimentations sont réalisés sur eux. Les rumeurs courant en parallèle. Pour autant personne ne sait réellement ce qui se passe au sein du laboratoire.

Le dernier étage du Triskelion qui n'en n'est pas réellement un. Cet étage est le domaine personnel de Mme. HYDRA où se trouve ses appartements et son bureau. La seule personne connue pour y avoir eu accès est le Docteur. Il est le seul qui peut se permettre d'y entrer sans aucune autorisation, ayant toute la confiance de Mme. HYDRA.

Bien souvent les apparences sont trompeuses. Ainsi le triskelion ne s'arrête pas au rez-de-chaussée mais s'enfonce plus profondément sous terre. C'est en-dessous que se situe le domaine des spécialistes qui se retrouvent à s'entraîner. Une infirmerie jouxte aussi cette salle alors qu'ils ont à leur disposition toutes les ressources nécessaires pour perfectionner leur entraînement.

Ce second complexe adjoint à l'immeuble principal est placé sous haute surveillance. C'est de cet endroit que décolle les héliporteurs, quinjets, ou drones. Un endroit sous haute surveillance de peur que des rebelles tentent de s'emparer de l'un des appareils. Peu d'agents sont toutefois capables de conduire un quinjet ou même un héliporteur.